智能IC卡的工作是完全受IC卡读写器指挥的，在进行一次应用操作时，由IC卡读写器根据交易的需要，按先后顺序发出一连串命令。智能IC卡接收到一个命令时，按命令要求完成操作后，返回一个应答信息给读写器，然后由读写器发出下一个命令……如此进行下去，直到完成一次交易为止，所以IC卡读写器与智能IC卡之间的工作是以命令-应答方式进行的。
智能IC卡进行一次应用操作的步骤大致如下：
1.插卡：将卡插入IC卡读写器。
2.读写器向IC卡加上直流电压，并发复位信号，使IC卡内的有关电路处于初始状态。
3.IC卡向读写器送回应答信号。
4.检查此IC卡是否已列入黑名单。若是，此卡不能再用。
5.读写器与IC卡相互鉴别：读写器鉴别此IC卡是否是合法。同样，IC卡鉴别当前使用的读写器是否是合法。
6.持卡人是否是合法的持卡人：一般采用输入个人密码的方法。将持卡人使用时输入的密码与IC卡内存放的密码进行比较，其处理方法与逻辑加密卡相似。
7.进行应用处理要求完成的操作：例如向IC卡中存款，从卡中取款等。
8.拔卡：将IC卡从读写器中取出。
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