公交IC卡系统的整个工作流程为：IC卡读写器（即公交IC卡刷卡机）实时的向外发射一定的电磁波，当IC卡进入电波的有效范围时，天线就会接收到电磁波，电磁波的实质就是电场与磁场的交变，而变化的磁场则会在天线、MPU和FLASH ROM组成的闭合回路里产生电流。该电流为MPU提供能源并同时加载一定形式的数据信息。MPU先与IC卡读写器同步，从FLASH ROM中取得IC卡片身份资料，IC卡读写器进行验证。验证完成后，对FASH ROM内的金额数据进行操作。操作成功后向IC卡读写器发送数据，由读卡机向使用者显示余额等信息。
公交IC卡就如同一个小型终端设备，能够进行数据的处理、计算、存储并与外部进行数据交换。同时卡内没有磁性物质，但卡片得运作与磁确是紧密相关的，因此当由外界磁场干扰时仍会对一卡通工作产生影响。从IC卡的结构中我们不难发现IC卡的故障无非就是源自于三个部分。一般而言FLASH ROM是比较稳定的器件。只要公交IC卡一卡通能使用并保持金额的正确性，就证明FLASH ROM没有问题。而FLASH ROM一旦出问题，IC卡便完全不能使用，看来问题处在天线或是MPU上了。由于IC卡使用过程中难免会遇到弯曲等情况，因此很有可能发生天线线圈折断的可能。这就会造成供电不足或这数据传输不稳定的问题。而令一种可能是MPU的识别能力变差造成。这多与使用时有过多外界干扰有关，是长期积累造成的问题。例如将手机与公交IC卡放得比较近时使用IC卡，这时手机的信号无疑会对IC卡产生影响，造成MPU的误处理或者电路损耗。
公交IC卡可以多次重复使用的，但也是被动卡，写入数据需要专门的密钥认证，不是随便就可以修改里面数据的。现在的IC卡在交通一卡通使用非常广泛，未来交通一卡通与其他金融IC卡的结合使用不再是理想，现在已经有很多地方正在试运营。可以极大地减少用户与银行及运营商的工作量，加快效率。
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