RFID技术在推广应用中遇到了不少挑战，主要体现在成本，标准，精确度与应用模式等方面，即缺乏成熟的应用模式和行业标准，以及相关产品的标准不统一。RFID技术发展面临的问题主要如下所述：
1.标准化问题
标准化是推动产品广泛获得市场接受的必要措施，但RFID读卡器与标签的技术仍未统一，无法一体化使用。而不同的制造商所开发的标签通讯协定，使用频率不同。RFID标签的芯片性能，存储器存储协议与无线设计约定等，也没有统一标准。
2.RFID的成本高
RFID系统无论是电子标签，RFID读卡器还是天线，价格成本都很高。在新的制造工艺没有普及之前，高成本的RFID标签只能用于本身价值较高的产品应用中。
3.RFID技术的瓶颈
RFID技术上尚未完全成熟，特别是应用于某些特殊的产品时，无法使用大量的RFID标签；而且RFID标签的可靠性也是一个问题。RFID标签与RFID读卡器识别时具有方向性，信号容易被阻断。
4.RFID产品大规模应用产生的社会问题及本身的安全问题
若是RFID技术发展成熟，企业大规模采用RFID系统之后，将会造成大量劳工面临失业的危机，从而影响劳动力市场，造成社会问题。而且RFID大规模应用会产生安全及信息的隐私保护问题，这也是目前RFID技术需要解决的问题。
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