根据需要对POS刷卡机功能模块以不同形式组合，POS刷卡机具有不同结构，应用最多的有分体式和一体化两种。
分体式POS刷卡机系统将主机芯、读卡器、显示屏、键盘、通讯模块置于同一机箱，实现POS的大部分功能。通过外围接口与打印机和密码键盘相联。
一体式POS刷卡机系统将主机芯、读卡器、显示屏、键盘集成一体，构成便携式系统。系统座机包含打印机、通讯模块等。系统模块间以红外或无线电方式通讯。当系统放回座机时，整个POS刷卡机即形成一个一体化系统。
此外，还有子母型POS(多台子POS采集的交易信息统一由母POS处理及与银行主机通讯)、局域网POS(在具备完善计算机管理系统的大型购物场所，这类POS与场所内部局域网相接，再通过局域网主机与银行通讯)等。
POS刷卡机的应用软件的基本功能是实现卡支付和现金支付所需的各种操作。更先进的POS刷卡机则进一步融入进货、销售、库存等管理，使之由单一收款机演化为融收款、管理于一体的高性能系统。
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