RFID电子标签的安全性与分类直接相关。一般来说安全性等级中存储型最低，CPU型最高，逻辑加密型居中。目前广泛使用的RFID电子标签中以逻辑加密型居多。
存储型RFID电子标签没有做特殊的安全设置，标签内有一个厂商固化的不重复、不可更改的唯一序列号，内部存储区可存储一定容量的数据信息，不需要进行安全认证即可读出或改写。虽然所有的RFID电子标签在通信链路层都没有采用加密机制，并且芯片本身的安全设计也不是非常强大，但在应用方面因为采取了很多加密手段使其可以保证足够的安全性。
逻辑加密型的RFID电子标签具备一定强度的安全设置，内部采用了逻辑加密电路及密钥算法。可设置启用或关闭安全设置，如果关闭安全设置则等同存储卡。如一次性编程功能，只要启用了这种安全功能，就可以实现一次写入不可更改的效果，可以确保数据不被篡改。另外，还有一些逻辑加密型电子标签具备密码保护功能，这种方式是逻辑加密型的RFID电子标签采取的主流安全模式，设置后可通过验证密钥实现对存储区内数据信息的读取或改写等。采用这种方式的RFID电子标签密钥一般不会很长，主要是4B或6B数字密码。有了安全设置功能，逻辑加密型的RFID电子标签还可以具备一些身份认证及小额稍费的功能。
CPU型的RFID电子标签在安全方面做得最多，因此在安全方面有着很大的优势。但从严格意义上来说，此种电子标签不应归类为RFID电子标签范畴，而应属非接触智能ic卡类。但由于使用ISO 14443 Type A/B协议的CPU非接触智能ic卡与应用广泛的RFID高频电子标签通信协议相同，所以通常也被归为RFID电子标签类。CPU类型的广义RFID电子标签具备极高的安全性，芯片内部采用了安全的体系设计，并且在应用方面设计有密钥文件、认证机制等，比前几种电子标签的安全模式有了极大的提高，也保持着目前唯一没有被人破解的纪录。这种RFID电子标签将会更多地被应用于带有金融交易功能的系统中。
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