与传统的收音机一样，RFID读写器与RFID电子标签需要调制到相同频率才能一起工作。RFID系统的频率分为低频、高频、超高频几种；还有一种少见的微波频率的RFID系统，这种系统需要配置微波RFID读写器才能一起工作。
在各种频率的RFID系统中，每个频率都有其特点，应用于不同领域，所以在选择RFID电子标签与RFID读写器时需要选择合适的频率。例如，低频RFID标签比高频便宜，节省能量，穿透力强；超高频作用范围广，传送数据速度快，但是比较耗能，穿透力弱。所以选择频率需要视用途而定。而且，各个国家使用的频率也不同，例如：欧洲的超高频是868MHZ，美国的超高频确是915MHZ。
现在市场上，很多电子公司生产的RFID读写器都支持现有供给链中用的新RFID电子标签的射频技术，一些RFID读写器只支持新的电子产品代码，甚至一些电子公司厂家生产的RFID读写器只支持特定的RFID电子标签。
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